Jacka Kapica nadzorował także akcyzy, cła i podatek VAT. Odpowiada za wyciek miliardów złotych z budżetu państwa. Walczył także o możliwość różnej interpretacji stawek VAT, co spędzało sen z powiek przedsiębiorcom.
Jacek Kapica to człowiek, któremu między palcami przepływało 20 miliardów rocznie. Skutecznie walczył, ale z przedsiębiorcami. Próbował wykończyć polską branże instalatorów szaf przesuwnych, podstępnie zmieniając interpretację podatkową, bez zmiany prawa i naliczając podatki 5 lat wstecz, czy też wykończył cały polski sektor skażania alkoholu na cele przemysłowe – a w tym właśnie czasie, oczywiście na zasadzie całkowitego braku koincydencji zdarzeń – z Ukrainy wjechały setki pociągów ze „skażonym” alkoholem, zwolnione z VAT, jako „towar nigdzie indziej niesklasyfikowany”. Alarmował o tym wówczas Cezary Kaźmierczak, szef Związku Przedsiębiorców i Pracodawców, a szczegółowo opisała w raporcie Najwyższa Izba Kontroli.
Do jego osiągnięć należy też stworzenie największej w Europie, gigantycznej szarej strefy tytoniowej, przez bezrozumne podnoszenie akcyzy na tytoń.
Z publikowanych obecnie danych wynika, że w czasie rządów PO-PSL, grupy przestępcze wyłudziły co najmniej 160 miliardów z VAT. A szacuje się, że nawet ponad 260 mld zł.
Najgłośniejszym przykładem w sytuacjach, które chce wyeliminować projekt przedstawiony w Sejmie, była sprawa tzw. szafiarzy. Zakup samej szafy był obłożony podatkiem w wysokości 22 proc. VAT, a zakup szafy z montażem 7 proc. VAT. Utrwalona od wielu lat praktyka powodowała, że ludzie kupowali szafy z montażem. Jacek Kapica zmienił interpretację na 22 proc. dla szaf z montażem i domagał się od ludzi zapłaty różnicy. Mimo że ludzie nigdy tych środków nie pobrali. Były wiceminister finansów powtarzał tę praktykę wielokrotnie.
Takich przykładów było więcej, choćby interpretacje podatkowe dla karetek, a także samochodów ciężarowych sprowadzanych do Polski. Przedsiębiorców zaatakowano dwóch stron. Na potrzeby VAT-u interpretowano tak, że to nie były samochody ciężarowe, tylko osobowe i tak twierdziły organa państwowe, natomiast na potrzeby akcyzy, stwierdzano zupełnie co innego. Że to nie jest samochód osobowy, tylko ciężarowy! Realnym efektem takich działań było bankructwo części firm, bo zapłaciły to, co Kapica chciał. Już od czterech lat wpływy z tytułu tego podatku wynoszą natomiast 0 zł.
Co więcej, jako zwierzchnik urzędników skarbowych Kapica walczył o przywrócenie tzw. klauzuli obejścia prawa. Chodzi o to, aby urzędnicy decydowali o tym, czy podatnik prawidłowo zastosował przepisy. Pozwoli to na swobodną interpretację, w myśl której urzędnicy będą oczywiście kazać płacić firmom wyższe podatki.
Najciekawsze jest to, że Wydział Przestępczości Zorganizowanej i Korupcji Prokuratury Apelacyjnej w Białymstoku badał już sprawę nadzoru Ministerstwa Finansów nad rynkiem automatów o niskich wygranych (popularnie zwanych jednorękimi bandytami). W tym śledztwie postawiono zarzuty właścicielom firm z automatami, celnikom i dyrektorom w Ministerstwie Finansów. Gdy 14 lipca 2014 r. zapadła decyzja, aby postawić zarzuty wiceministrowi Jackowi Kapicy, interweniował jeden z zastępców Prokuratury Generalnej (rzecznik PG nie informuje który), zmusił prokuratorów do anulowania postanowienia o zarzutach, a następnie „na wszelki wypadek” zarządzono przeniesienie śledztwa do Poznania.
Osią konfliktu jest tzw. ustawa hazardowa. Trefną ustawę uchwalono w atmosferze paniki, zaledwie w dwa dni po tzw. aferze hazardowej. Weszła ona w życie od początku 2010 r. i przewidywała stopniową likwidację rynku automatów o niskich wygranych: nie można było bowiem uzyskiwać nowych zezwoleń ani przedłużać tych, które firmy już uzyskały. Przepisy te zostały zaskarżone przez trzy spółki – Fortunę, Grand i Fortę. W lipcu 2012 r. na temat ustawy hazardowej wypowiedział się Europejski Trybunał Sprawiedliwości. Uznał ją za sprzeczną z unijnym prawem, a tym samym orzekł, że nie można jej stosować.
Tylko za tę nieudaną ustawę Kapica powinien był stracić stanowisko. Bo to on odpowiada tak za jej brzmienie, jak i za jej promowanie. Pierwsze założenia przedstawił bowiem już w lutym 2008 r. – od razu po swojej nominacji. Prace prowadził błyskawicznie. Do tego stopnia, że pomijał obowiązkowe zapytania o opinie na temat zgodności projektu z prawem unijnym, a nawet udokumentowanie uzgodnień międzyresortowych – wynika z rządowego raportu przygotowanego przez ówczesną minister Julię Piterę. Co najciekawsze, formalnie nie wiadomo, po co nowa ustawa w ogóle powstała. Według wspomnianego raportu w Ministerstwie Finansów nie stworzono żadnego uzasadnienia dla prac nad projektem. „MF nie udokumentowało prac, które doprowadziły do wniosku o potrzebie opracowania założeń oraz pozwoliły określić zakres i cel koniecznych zmian, co utrudnia ex post ocenę celowości decyzji o nowelizacji” – czytamy w raporcie.
Gdy 2009 r. wybuchła afera hazardowa, Kapica był przez chwilę kreowany na bohatera. Wszystko dlatego, że w ujawnionych stenogramach z podsłuchów Ryszarda Sobiesiaka i Jana Koska hazardowi baronowie właśnie jego określali jako główną przeszkodę w napisaniu korzystnej dla nich ustawy. Żeby pokazać go jako „jedynego sprawiedliwego”, przyznano mu nawet na chwilę ochronę BOR-u, choć nie pojawił się żaden sygnał o zagrożeniu dla szefa celników. Tymczasem rola Kapicy w aferze hazardowej wcale nie jest pozytywna.
W latach 2008–2009 resort przygotował pięć wersji nowych rozwiązań ustawowych. Wszystkie projekty miały cechy wspólne: zyskiwały na nich dwa podmioty – Totalizator Sportowy (TS) i współpracująca z nim amerykańska firma GTECH, a za przygotowanie tych projektów odpowiadał wiceminister finansów i szef Służby Celnej Jacek Kapica. Kapica odmawiał komentarza.